9月16日0—24时，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例84例。其中境外输入病例22例（云南16例，河南2例，广东2例，上海1例，浙江1例），含2例由无症状感染者转为确诊病例（浙江1例，河南1例）；本土病例62例（福建61例，其中厦门市31例、莆田市28例、泉州市1例、漳州市1例；云南1例，在德宏傣族景颇族自治州），含1例由无症状感染者转为确诊病例（在福建）。无新增死亡病例。新增疑似病例2例，均为境外输入病例（均在上海）。

31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者20例，其中境外输入14例，本土6例（均在福建莆田市）；当日转为确诊病例3例（境外输入2例）；当日解除医学观察12例（境外输入11例）；尚在医学观察的无症状感染者378例（境外输入359例）。

据漳州市应对新冠肺炎疫情工作指挥部消息，16日凌晨0时10分，漳州市台商投资区发现1例新冠病毒核酸检测阳性患者。目前，漳州市小学、幼儿园继续暂缓入校，实行线上教学，具体返校时间另行通知。

16日晚，厦门市政府召开疫情防控新闻发布会通报：15日16时至16日16时，厦门市新增确诊病例18例，均在同安区，其中最小病例3岁。截至16日16时，厦门市累计报告新冠肺炎确诊病例66例（普通型44例，轻型22例），无症状感染者1例。

自16日18时起，厦门市同安区域内所有人员禁止离开同安，人员、车辆只进不出。

截至15日，福建已报告超200例阳性病例。国家卫健委赴福建工作组专家研判：目前福建疫情处于上升期，疫情形势依然十分严峻；莆田疫情低龄儿童感染多，目前症状较轻，福建增派50名儿科医护支援莆田；目前还未发现疫情向外省外溢，福建省内其他城市应提高警惕。

17日起，根据当前厦门市疫情防控实际情况，厦门市将划定的高风险地区（同安区新民镇湖里工业园以东、同明路以西、集安路以南、集贤路以北）范围扩大至同安区新民镇乌涂社区，将同安区新民镇西塘社区划定为高风险地区。