1月8日起，香港与内地开始实施首阶段通关。据香港特区政府6日晚发布的新闻公报，香港特区政府发言人当晚就媒体查询在香港与内地通关第一阶段下，同时持有“港澳通行证”和“香港身份证”的人士来往两地安排作出回应：同时持有“港澳通行证”和“香港身份证”的人士，只可选择用同一证件出入境。

香港特区政府发言人称，为达至香港和内地逐步、有序、全面通关，特区政府和深圳市政府经商讨协商后达成共识：在公平原则下，通关第一阶段的所有人士（北上前往内地的内地居民、南下前往香港的香港居民和经香港北上后返港的外地旅客除外）均须成功网上预约，才能经深圳湾口岸、文锦渡口岸和落马洲支线／福田口岸过关前往内地或香港。
同时持有“港澳通行证”和“香港身份证”的人士，只可选择用同一证件出入境，如以“港澳通行证”前往内地无须预约，但返港时则须通过深圳市政府辖下的网上预约平台成功预约才能过关。同样，如以“香港身份证”前往内地要通过特区政府辖下的网上预约平台预约才能过关，但返港则无须预约。